Na meniju Edit, Select All (bližnjica Ctrl+A).
Gumbi za izbiranje
Z zadržanim klikom na prvi gumb leve orodne vrstice dobimo več orodij za izbiranje.
Izbira povezane strukture
Gumb 
, kliknemo na strukturo.
Izbiranje z obkrožanjem
Gumb
, okrog strukture ali več struktur narišemo pravokotnik.
Gumb
, strukturo ali več struktur obrišemo z zaključeno krivuljo.
Pri izbiranju več predmetov/območij si lahko pomagamo s tipko Shift (velja za vse tri gumbe za izbiranje).
Izbiranje več atomov
Uporabimo gumb 
, klikamo posamezne atome in držimo tipko Shift.
Označene strukture lahko spreminjamo, kopiramo ali brišemo.
Brisanje
Brisanje
posameznih atomov in vezi: orodje 
, klik na atom ali vez. Pri brisanju atoma se zbrišejo vse vezi, vezane na atom.
Celo strukturo (ali več struktur) zbrišemo tako, da jo (jih) označimo, nato uporabimo tipko Delete.
Celotno vsebino namizja zbrišemo s klikom na gumb 
.
Kopiranje
S Ctrl+D naredimo kopijo trenutno izbrane strukture.