Shranjevanje datotek
Strukture na namizju shranimo s klikom na gumb ali na meniju File, izbira Save. Shranimo v datoteko v skc ali mol formatu.

Format skc
Naravni format programa Symyx Draw. Shrani strukture v 2D formatu. Datoteke v formatu skc lahko odpremo tudi v programu Chem Sketch.

Format mol
Shrani 3D koordinate strukture. Datoteke v mol formatu lahko odpremo tudi v programu ChemSketch, pa tudi v pregledovalnikih 3D struktur (Chime, Raswin, Jmol).
Opomba: Symyx Draw ne omogoča prostorske optimizacije struktur, zato so dobljene strukture ravninske.

Kopiranje v druge programe
Za prenos struktur v Word in PowerPoint shranjevanje ni potrebno, strukturo le označimo in kopiramo.

Strukture lahko brez shranjevanja kopiramo tudi v Chem Sketch.