Z gumbom
, 
ali 
izberemo strukturo. Z miško povlečemo eno od ključnih kotnih točk navzven (za povečanje) ali navznoter (za zmanjšanje). Spremeni se tudi velikost pisave.
Gumbi za vrtenje in zrcaljenje
Z zadržanim klikom na drugi gumb leve orodne vrstice dobimo več orodij.
Zrcaljenje struktur
Izberemo gumb 
in kliknemo na atom, in zadržimo klik (pojavi se križec za os vrtenja). Povlečemo v ustrezno smer, za vodoravno zrcaljenje v levo oz. desno, za navpično pa navzgor oz. navzdol.
Vrtenje struktur v ravnini
Z gumbom , ali izberemo strukturo. V desnem zgornjem kotu se pojavi rdeč kvadratek. Kliknemo nanj, zadržimo gumb miške in vrtimo. Ob vrtenju se prikaže vrednost kota.
Druga možnost: Izberemo gumb 
(2D). Kliknemo na atom, ki je os vrtenja in vrtimo.
Vrtenje struktur v prostoru
Izberemo gumb 
(3D). Kliknemo na atom, ki je os vrtenja in vrtimo. Strukture so po vrtenju še vedno ravninske.
