Enojne vezi s splošnim gumbom za risanje
Z zadržanim klikom miške in vlečenjem rišemo posamezne enojne ali povezane enojne vezi (npr. verige, obroče). Koti med vezmi so 120°. Pri risanju povezanih vezi za vsako vez spreminjamo smer vlečenja. Dolžina vezi je standardna.

Enojne vezi z gumb za risanje vezi
miške rišemo posamezne enojne vezi standardne dolžine, usmerjene pod kotom 120° glede na obstoječe vezi. Z zadržanim klikom in vlečenjem pri risanju spreminjamo smer in dolžino vezi. Če pri tem držimo tipko Shift, dobimo standardno dolžino vezi, kot pa lahko spreminjamo.


S klikom na gumb se vklopi prikaz orodne vrstice Bonds za risanje različnih tipov vezi.


Dvojne in trojne vezi z gumboma in
Dvojne vezi na obstoječi strukturi dobimo s klikom na enojne, trojne pa s klikom na dvojne. S klikom na trojno vez se le-ta spremeni v enojno.

Dvojne vezi
Pri sprotnem risanju strukture z dvojnimi vezmi izberemo gumb za dvojno vez v orodni vrstici Bonds in narišemo vez. Z orodjem obstoječe vezi spremenimo v dvojne, s klikom na obstoječo dvojno vez pa se spremeni položaj prikaza dvojne vezi.



Trojne vezi
Za sprotno risanje strukture z dvojnimi vezmi izberemo gumb za trojno vez v orodni vrstici Bonds in narišemo vez.
Z orodjem obstoječe vezi spremenimo v trojne.

Prostorske vezi
Uporabimo gumba . S klikom na obstoječo prostorsko vez spremenimo njeno smer.

Risanje verig
Uporabimo orodje za risanje verig na levi orodni vrstici (Tools). Pri risanju verig kliknemo in potegnemo z miško za potrebno dolžino verige. Z zadržanim klikom na gumb orodne vrstice dobimo možnost izbire med dvema orodjema. Druga vrsta orodja za risanje verig deluje podobno kot splošno orodje za risanje .

Aromatske vezi
Lahko jih prikazujemo s krogom, če to možnost vklopimo v nastavitvah na meniju Options, Settings, Bonds. V rubriki Aromatic bonds as circle izberemo vrednost Yes. Trajno spremembo shranimo z gumbom Apply and Save, začasno pa z gumbom Apply.


Ponavljanje fragmenta: gumb na levi orodni vrstici (Tools), narišemo pravokotnik, nato v podoknu izberemo vrsto oklepaja in oznako (SRU label). Izbiro potrdimo z Apply. Za oklepaj brez oznake v rubriki Bracket type izberemo generic ().

Debelina vezi
Z gumbom , ali izberemo strukturo. Na zgornji orodni vrstici izberemo debelino z gumbom .

Standardna debelina vezi
Na meniju jo spremenimo v Options, Settings, Bonds. Spremenimo vrednost rubrike Bond thickness. Trajno spremembo shranimo z gumbom Apply and Save, začasno pa z gumbom Apply.

Dolžina in smer vezi
Vse vezi lahko podaljšamo tako, da povečamo strukturo (poveča se tudi pisava). Pri risanju struktur dobimo poljubno dolžino in smer vezi, če držimo tipko Ctrl.
Za podaljšanje posamezne vezi kliknemo na , nato kliknemo na konec vezi in povlečemo. Z dolžino spreminjamo tudi smer vezi. Za spreminjanje dolžine brez spremembe smeri kliknemo z desnim gumbom na vez (prej izberemo orodje za izbiro, splošno orodje za risanje ali orodje za risanje vezi) in na meniju izberemo Bond Length ter spremenimo vrednost.

Standardna dolžina vezi
Na meniju jo spremenimo v Options, Settings, Bonds. Spremenimo vrednost rubrike Standard bond length. Trajno spremembo shranimo z gumbom Apply and Save, začasno pa z gumbom Apply.

Barve atomov in vezi
Z orodji za izbiranje ali orodji za vezi/atome izberemo atome in/ali vezi, nato kliknemo z desnim gumbom in izberemo rubriko Color.